台灣的自來水中，還不只三鹵甲烷值得憂慮。二○○七年，行政院環保署曾委託學者針對長興、板新、新山、鳳山、東興、豐原及澄清湖等北、中、南三地七座主要淨水場進行分析，結果全都驗出壬基酚，代表現有淨水處理程序，無法完全去除壬基酚。而壬基酚是一種類似女性荷爾蒙的物質，除了會讓男性精蟲濃度降低，還被認為會促進乳癌細胞分裂。
淨水處理後清水仍無法完全去除壬基酚:環保署委託學者針對長興、板新、新山、鳳山、東興、豐原及澄清湖，北中南三地七座主要淨水場進行分析，結果全都驗出壬基酚。原水的壬基酚濃度介於 0.108ppb至0.348ppb（十億分之一）之間，經過淨水處理後的清水，仍有0.099ppb至0.166ppb壬基酚含量，顯示現有淨水處理程序，無法完全去除壬基酚。
隨著工業化的發展，台灣地區水源已遭到有毒化學物質(如農藥、重金屬、有毒廢水等)的嚴重污染。為了消除污染水源中的惡臭及腐敗的細菌，並考量到成本及有效性，自來水廠必須在水中加入大量的氯，以達到消毒效果，供應乾淨的民生用水。根據環保署於九十二年五月七日修訂發布的飲用水水質標準中，自由有效餘氯的範圍為 0.2～1.5 mg / L。自來水多以氯氣消毒，當氯氣溶於水中會變成次氯酸或次氯酸根離子，即俗稱有效餘氯，因次氯酸具有極高的氧化能力，如自來水含有效餘氯，它在配水管中停留時可預防細菌（病原菌）的滋生，因此有效餘氯在自來水的安全衛生上扮演極重要的角色，本省自來水水質標準之有效餘氯的容許範圍是 0.2-1.5 毫克／公升（自由有效餘氯）。目前公告的飲用水水質標準中，有害物質的容許範圍，是以個人70公斤體重，每天飲水2公升，至少在70年壽命中不會造成健康危害的評估結果。換言之，如果體重在70公斤以下，或每天飲用自來水超過2公升，或是壽命超過70年的人體，在每天飲用含氯自來水的條件下，其健康就有可能受到危害。另外，自來水廠為了保障管路末端用戶的餘氯含量符合規定，在管路前端的氯含量勢必超過標準值。因此，住家越靠近水廠，進到該用戶的自來水中氯的含量也越高。另外，在大雨或颱風過後，為達到一定的消毒效果，氯的含量也比平常高很多。
氯的傷害真的很大：科學家證實氯不僅經由食物、飲水攝取，亦可經由皮膚吸收，對人體健康產生影響，包含膀胱、肝、直腸、心臟、動脈硬化、貧血、高血壓、過敏、等疾病症狀皆與氯有關， 根據世界各國的研究證實，自來水因加氯消毒而產生副產物「三鹵甲烷」，會致癌或造成各種疾病，例如腸、胃、腎臟、膀胱和乳房的癌症、脊柱裂或死產。 因為意識到氯對人體的危害性，因此不管是在煮沸時多沸騰10分鐘，或使用各種濾材過濾自來水，目的是想盡辦法除去水中的氯和其他有害物質。俗諺云:「水能載舟，亦能覆舟」。水中加氯消毒，可預防傳染病的發生;水中若無餘氯的存在，會造成微生物的繁殖，進而導致水媒疾病(waterborne disease)，這是人們所恐懼的世紀大災難。在腸病毒流行期間，衛生主管單位要求游泳池業者，提高水中的含氯量，目的是希望避免傳染病的蔓延。然而水中餘氯濃度的高低，會影響人體健康，尤其過量的氯會造成健康的危害。研究發現自來水中所含有的殺菌用氯化物與水中的其他物質，結合後所衍生的有機化合物，具有誘發胃癌的可能性，也們所恐懼的世紀大災難。在腸病毒流行期間，衛生主管單位要求游泳池業者，提高水中的含氯量，目的是希望避免傳染病的蔓延。研究發現自來水中所含有的殺菌用氯化物與水中的其他物質，結合後所衍生的有機化合物，具有誘發胃癌的可能性，也會傷害細胞遺傳基因造成突變，或增加甲狀腺癌或肝癌的危險性。
